Храм Рождества Пресвятой Богородицы в Геническе был заложен 21 сентября 1904 года как подворье Кизилташского мужского монастыря. Строительство велось на пожертвования верующих по инициативе старца Созонтия, пользовавшегося большим уважением среди жителей города и окрестных сёл. Работы завершились в 1907 году под руководством Кирилла Никишина.

Старец Созонтий сыграл ключевую роль в создании храма. Собирая средства на строительство, он сумел объединить жителей Геническа и ближайших населённых пунктов. После смерти в 1908 году его имя осталось неразрывно связано с историей собора.

В XX веке храм неоднократно закрывался и использовался как зернохранилище и спортивный зал. Во время оккупации в 1941 году богослужения были возобновлены, однако позднее здание вновь утратило своё религиозное назначение. Окончательное возвращение верующим состоялось в 1989 году, после чего началось восстановление исторического облика собора.

В 1990 году был восстановлен купол храма, а в 2005 году завершено строительство колокольни-звонницы с установленными колоколами. В 2011 году храм получил статус кафедрального собора.

Собор Рождества Пресвятой Богородицы является уникальным и значимым элементом историко-культурного наследия Херсонщины, сохраняя память о духовных традициях, истории Геническа и судьбе православных святынь региона.