Сергей Николаевич Струнников родился в 1907 году в Херсоне в семье художника. В юности переехал в Москву, учился на операторском отделении Государственного кинотехникума и одновременно работал осветителем на студии «Межрабпомфильм». После окончания учёбы работал в съёмочной группе режиссёра Всеволода Илларионовича Пудовкина.

С 19 лет его фотоработы публиковались в печати. В 1928 году состоялись первые публикации, в 1930-е годы он активно работал как фотожурналист. Сотрудничал с изданиями «Водный транспорт», «Комсомольская правда», «Известия», принимал участие в фотоконкурсах и выставках.

В 1940 году в Центральном доме журналиста прошла персональная выставка «Фото С. Струнникова 1930—1940 гг.», приуроченная к десятилетию его фоторепортёрской деятельности. К этому времени он был известен как мастер репортажа и фотопортрета.

В августе 1941 года начал работу в газете «Правда» как военный фотокорреспондент, часто работал совместно с корреспондентом Петром Лидовым. Снимал оборону Москвы, в 1942 году 57 его работ были представлены на выставке «Москва военная» в Центральном доме Красной армии. В том же году был представлен к награждению медалью «За боевые заслуги».

Международную известность получил благодаря фотоснимкам Зои Космодемьянской после казни, опубликованным 27 января 1942 года в газете «Правда». Работал на Западном, Брянском, Ленинградском, Волховском, Северо-Западном и Первом Прибалтийском фронтах, снимал в Сталинграде, Севастополе, Харькове, Одессе, Крыму и других районах боевых действий, вёл военные дневники.

Сергей Николаевич Струнников погиб в ночь с 22 на 23 июня 1944 года в результате авианалёта на военный аэродром под Полтавой, вместе с Петром Лидовым.

Херсонщина помнит Сергея Струнникова как военного фотокорреспондента, чьи снимки стали важными документальными свидетельствами событий Великой Отечественной войны.