Евгений Порфирьевич Пономаренко родился 24 февраля (9 марта) 1909 года в Херсоне. На сцену вышел ещё в школьные годы. В 1928 году окончил драматическую студию при Одесском музыкально-драматическом театре, где обучался у Л. Гаккебуша и В. Василько.
В 1926–1936 годах работал в Одесском государственном драматическом театре имени Октябрьской революции. В этот период исполнил ряд заметных ролей, среди которых Хлестаков в «Ревизоре» Н. Гоголя, Грумио в «Укрощении строптивой» У. Шекспира, мичман Кноррис в «Гибели эскадры» А. Корнейчука.
С 1936 года стал актёром Киевского драматического театра имени Ивана Франко. На этой сцене исполнил роли в спектаклях по произведениям Ф. Шиллера, М. Горького, А. Островского, А. Чехова, У. Шекспира, А. Корнейчука. Среди наиболее известных — Петя Трофимов («Вишнёвый сад»), Клавдио («Много шума из ничего»), Олег Кошевой («Молодая гвардия»), Тарас Шевченко («Петербургская весна»).
В кино Евгений Порфирьевич снимался с 1931 года. В его фильмографии — «Кармелюк» (1938), «Непокорённые» (1945), «Иванна» (1959), «Наследники» (1960). Актёр принимал участие в художественных и историко-драматических кинопроектах.
Евгений Пономаренко был удостоен званий заслуженного артиста УССР, народного артиста Узбекской ССР и народного артиста СССР (1960). Являлся лауреатом Государственной премии УССР имени Т. Г. Шевченко (1971), награждён орденом Ленина и орденом Трудового Красного Знамени.
Херсонщина помнит и гордится Евгением Пономаренко — актёром театра и кино, уроженцем Херсона, чья профессиональная деятельность была связана с ведущими театральными сценами и значимыми кинопроектами советского периода.